創立年月不詳。塔ヶ崎の産土神。口碑によると領主の祈願所で祭典に玉串をささげられたと伝える。また用水組の総鎮守として崇敬されたという。天和年中（１６８１～８８）幕府から境内六町八反六畝一〇歩除地として付与されていたが、明治５（１８７２）年に境内以外を返上した。同年、柏崎県の村社に列しそののちの改革により社格を廃した。大正５年９月３０日、村社に列す。

現在知り得る史料では、中世塔ヶ崎にある神田山神社が、大池・小池の水利権を持っていたであろう。この神社は明治元（１８６８）年の神仏分離令により、神仏習合の真言宗神田山顕日寺が廃され、神田山神社として祀られた。ここには御神体として顕日寺本尊であった木造十一面観音像（中世期の作・上越市指定文化財）が祀られている。拝殿は観音堂を改築したもので朱塗りの柱である。

大池の向背地西蒲生田に石神塚がある。かつてこの塚は、古墳と間違えられたこともある。このような大きな塚が日根津にもあるが、恐らくこの大池・小池を支配した神田山神社庄園の四至を限る牓示と考えることもその一つであろう。また大池の中にある「ふるかんど」（古観音堂）中世館遺跡や、しらみ経塚など、中世遺跡がそれぞれ室岡博らの調査で報告されている。